袁崇焕的案子审了8个月，崇祯帝加给袁崇焕的罪名有八大条，主要的有以下几条：

袁崇焕的第一条罪名是纵敌长驱，朝廷把他看成是清兵入寇京师的罪魁祸首。明朝历史上京师被围有两次，第一次蒙古人兵临城下，于谦被处死。再一次就是崇祯二年袁崇焕这一次。皇太极在围攻京师的时候纵容清兵烧杀劫掠，百姓深受其害，在信息封闭的古代，不知内情的他们把责任归之于袁崇焕守卫边疆不力。同时，明朝末年吏治腐败，官员在京师周边广置田产，清兵的到来使之损失重大，官绅阶层对时局也深为不满。在这种情况下，崇祯皇帝为平息官民之间的怨气，就把责任推在袁崇焕身上。

事实上，清兵取道蒙古进攻北京，进攻路线避开了袁崇焕的关锦防线，袁崇焕得知讯息后率数千骑兵两夜急行军300多里回援，并以少胜多打退了清兵，应该说已经做得无可挑剔。而且关于后金入寇京师的危险性，袁崇焕曾多次上书预警崇祯，认为清兵有可能取道蒙古，从防守相对薄弱的遵化一线进功京师，希望朝廷加强防御。但崇祯帝对于袁崇焕的谏疏，一味因循拖延，终至于养成大患。所以说，说袁崇焕“纵敌长驱”，应该是莫须有的强加罪名。在京郊战斗中，袁崇焕亲自冲锋陷阵，身上中箭之多，历史记载“两肋如猬，赖有重甲不透。”袁崇焕下狱后，部将祖大寿害怕被一起下狱，“毁山海关出，远近大震”，形势异常危险。袁崇焕得知后，并没有以此胁迫崇祯帝放他，反而亲自写信给祖大寿，命令他率师返回京郊，抗击清兵。祖大寿接书以后马上回师，收复永平、遵化一带，把清兵赶到关外。

京师被围对于朝廷来说是大多面子的事，总要有人为之承担责任，袁崇焕作为辽东督师是最合适的替罪羊。

袁崇焕的第二条主要罪名是擅杀皮岛总兵毛文龙。袁崇焕在被捕前半年以阅兵为名，乘舟至双岛，以尚方宝剑诛杀镇守皮岛的毛文龙。

毛文龙是明朝正式任命的东江总兵，兵力主要部署在鸭绿江近海口的皮岛，和鸭绿江的獐子岛、鹿岛构成鼎足之势，地理位置位于辽东、朝鲜、山东登莱二州的中间。明朝政府每年给与毛文龙大量军饷，指望他在后方骚扰后金，牵制后金南下的势头。

但毛文龙对朝廷并非忠心不二，实是早有异志，与后金勾结已久，在被杀之前之所以未曾反叛，不过是在待价而沽罢了。而崇祯皇帝登基之后，镇压了阉党首恶魏忠贤，作为阉党成员的毛文龙不得重用，早晚要走上反叛之路。袁崇焕杀毛文龙立威自有充足的理由，因为毛文龙犯有不服节制、虚报兵额、中饱关银、擅开马市私通外番等多项死罪。作为阉党成员，毛文龙认魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，平日又一贯作威作福，鱼肉部下和百姓。但袁崇焕为什么不奏请崇祯帝然后再加以诛杀呢？这也跟毛文龙的为人有关系，毛本人未必有突出的军事才能，但拍马有术，他从朝廷领来的军饷一大半没有运出京城，专门用拉贿赂京官。他在辽东私开马市，用战略物资向清人换来的人参鹿茸，也主要用来向朝廷大官上供，因而毛文龙在朝廷耳目众多。如果袁崇焕请示崇祯帝完全有可能走漏消息，激起兵变，受到反噬。所以，袁崇焕部下义士程本直说毛文龙“是左右大夫皆曰可杀，国人皆曰可杀也。其不杀也，非不杀也，不能杀也，不敢杀也，是以崇焕杀之而通国快然。”

袁崇焕杀毛文龙的直接原因是毛居功自傲，不服节制。崇祯皇帝给了袁崇焕一把尚方宝剑，不巧的是，毛文龙也有一把，而且在袁崇焕之前就有了。大家都有尚方宝剑，后台都是当今天子。在毛文龙心里，袁崇焕只不过是碰巧打了两个胜仗提拔速度比较快的后起之秀而已，要他在袁崇焕面前服服帖帖，那是万万不能的事。下级不服从上级指挥，这是任何领导都十分忌讳的事，

崇祯二年5月29日，袁崇焕在支付了毛文龙10万两饷银、平息了毛文龙的不满以后，亲赴双岛，在那里会见了从皮岛赶来的毛文龙。6月3日，毛总兵陪同袁督师饶有兴趣的检阅了岛上的军队。这个时候，袁崇焕还未下定决心杀毛，他只是希望毛能交兵权，急流勇退。6月4日，在毛文龙为袁举办的接风宴会上，两人的对话话中有话：

袁：您在边疆辛苦了，杭州西湖风景很美，有没有考虑到那儿去养老啊？

毛：有这个考虑。但是军务繁忙，这边的事情除了我，其它人也接不上手啊。等我把辽东的事情搞定，顺手收拾了朝鲜，然后再说吧。

袁：朝鲜的事情不麻烦您，我另有合适的人选。

毛：还有比我更合适的？恐怕不会吧。

大丈夫不可一日无权，况且是能够生杀予夺的军权，毛文龙当然不会交权。袁崇焕一番试探下来，终于下了杀毛的决心。6月5日，在袁崇焕的营帐中，当着毛文龙的诸多亲信，袁崇焕以十二大罪名，用尚方宝剑取了毛文龙的首级，并且收回了毛文龙的将军印和尚方宝剑，同时也吞并了毛文龙的部队。

一位督师用尚方宝剑杀了一位同样拥有尚方宝剑的总兵官，应该算那个时代的爆炸性新闻。崇祯听到消息也吓了一大跳，觉得袁崇焕这样大的事情也不请示一下，太过分了。但人死不能复生，朝廷还要靠袁崇焕来经略辽东，崇祯心里不满，却没有立即表现出来。崇祯在谕旨中也表示理解，认为袁崇焕能够“周虑卒图”，属于相机行事，不必引罪。

此一时也，彼一时也，等到袁崇焕下狱，崇祯皇帝就把这件事情重新搬出来，认为袁崇焕“专戮大帅”。擅自杀掉朝廷独当一面的大将，这可是死罪。那些得过毛文龙好处、喜欢毛文龙的朝廷大臣这个时候跳出来了。

袁崇焕杀了毛文龙，朝廷显贵们断了一条大财路，无不痛恨袁崇焕。其中有一个重量级的大人物大学士温体仁，是毛文龙的同乡。温体仁把毛文龙吹捧成岳飞一样的忠臣，连续多次上奏要求赶快杀掉袁崇焕。

袁崇焕第三个大的罪行是“擅主和议”。袁崇焕第一次被朝廷解职原因之一就是因为和后金商讨议和的可能。东山再起后的袁崇焕对于议和问题特别慎重。他曾经对崇祯帝小心建议：“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正着，战为奇着，和为旁着之说。”实际上每次议和都是皇太极主动提出来的，这多半是带有欺骗性的缓兵之计。袁崇焕对此并非不知道，但是在军事上处于劣势的明军更需要一段和平的时间用于修养兵马、巩固城池，因此对于皇太极的每次议和提议他都谨慎响应。崇祯本人对于议和的态度表面比较暧昧，但内心绝对反感。但当袁崇焕被捕以后，朝廷许多官员却翻起了历史老帐。明朝的士大夫鉴于南宋的教训，无不以与满人和谈为耻，任何人主张议和便被视为秦桧式的卖国贼。事实上，袁崇焕的议和不同于南宋割地称臣的议和。崇祯二年，袁崇焕与皇太极书简往来多封，袁崇焕在书信中坚持原则，忠于明朝朝廷，提出议和的前提是“还侵地，归叛人，存朝鲜，存建州”，除了归还土地外，还要求皇太极削去帝号，并且报告朝廷。对于这段议和，清人后来以为奇耻大辱，绝口不提此事，只是在清宫内阁档案中有一道木刻谕文记载了相关情况。

强加给袁崇焕还有一个重要罪名是“以五年平辽”欺骗皇帝。袁崇焕复出后，问及平辽方略，袁奏上：“愿假以便宜，计五年，全辽可复。”中间休息时，给事中许卿叩之以五年之略，袁崇焕回答说是为了安慰皇上。袁崇焕的五年平辽应该说有不切实际的空想成分，但以之为罪名，却也有值得辩护之处。一是袁崇焕下狱时，才是第二年，离五年之期还有数年。二是军事斗争胜负在顷刻之间就会形势直下，楚汉相争、解放战争时期，相对弱势的一方后来都通过关键性的战役反败为胜。袁崇焕在增援京师时，已经安排几路兵马截断清兵后路，如果袁崇焕不下狱，完全有可能重创倾巢而出的清军主力。那么可能今后的历史会是另外一种发展状况。